SARS-CoV-2 varianten: impact op de moleculaire diagnostiek

2021-01-20

We geven u in deze mail graag een update over de moleculaire diagnostiek van SARS-CoV-2 varianten.

coronavirus_RNA_width_800

Belangrijkste varianten

Virussen muteren voortdurend, de in Europa circulerende stammen zijn al sinds maart 2020 niet meer de originele stam uit Wuhan. Recent doken echter een aantal varianten op die tot ongerustheid leiden door een verhoogde besmettelijkheid. We lijsten de belangrijkste hier voor u op:

Britse variant

  • =  variant B.1.1.7 = “Variant of Concern” VOC 202012/01 = “S-gen drop-out” variant
  • Belangrijkste mutaties: N501Y, 69-70del

Zuid-Afrikaanse variant

  • = variant B.1.351 = 501Y.V21
  • Belangrijkste mutaties: K417N, E484K en N501Y

Braziliaanse variant

  • = variant B.1.1.28
  • Belangrijkste mutatie: E484K

De N501Y mutatie zorgt voor een hogere ACE2-receptor affiniteit en is vermoedelijk verantwoordelijk voor een verhoogde besmettelijkheid.

De 69-70 deletie zorgt voor de S-drop-out.

De E484K mutatie zorgt voor een verminderde affiniteit voor monoklonale antilichamen en zou dus een impact kunnen hebben op therapie hiermee.

Impact op de diagnostiek

Alle PCR testen, die momenteel gebruikt worden, sporen meerdere genen op van het SARS-CoV-2 virus. De varianten geven geen aanleiding tot vals negatieve resultaten. Als één gen niet meer gedetecteerd wordt, door een mutatie op een kritische plaats, spreken we over een drop-out. Door het opsporen van de andere genen wordt het virus echter nog steeds gedetecteerd.

Deze drop-outs kunnen in sommige gevallen wel gebruikt worden als surrogaat merker voor de aanwezigheid van een variant. Zo zorgt een S-drop-out voor een sterk vermoeden dat het om een Britse variant gaat. Sequencing brengt dan meer duidelijkheid. Let dus op: een Zuid-Afrikaanse of Braziliaanse variant vertoont geen S-drop-out.

Welke stalen worden gesequenced

Er worden reeds van in het begin van de pandemie stalen gesequenced in België. Sinds vorige week is men hier echter een versnelling hoger geschakeld. Het doel is om minstens 2% van alle positieve stalen te sequencen voor epidemiologische opvolging. Hiervoor worden stalen verzameld van labo’s over heel België, zowel van ziekenhuizen als van de eerste lijn.

Daarnaast werd ons ook gevraagd om steeds volgende positieve stalen door te sturen voor sequencing:

  • S-drop-out stalen
  • Positieve stalen van terugkerende reizigers

Wij ontvangen hier een resultaat van en zullen dat ook rapporteren. Hou hierbij rekening met een doorlooptijd van 10 dagen. Indien er meer aanvragen zijn dan het sequencing labo kan verwerken zullen zij een selectie maken van welke stalen effectief gesequenced worden.

Wij nemen de nodige acties om deze stalen door te sturen. U hoeft hiervoor niks  te doen.

Bij vermoeden van een cluster met een variant, bijvoorbeeld in een WZC, wordt best door u / de CRA contact opgenomen met het Agentschap Zorg en Gezondheid om te bekijken of sequencing nodig en mogelijk is.

Mogelijkheden bij Labo Nuytinck – praktische info

Wij voeren op dit moment drie verschillende SARS-CoV-2 PCR testen uit. Met één van deze technieken, de ThermoFisher TaqPath assay, kunnen we S-drop-out detecteren. Met de twee andere niet. Het is voor ons dus niet mogelijk om alle stalen te screenen voor S-drop-out.

Stalen van terugkerende reizigers worden zoveel mogelijk uitgevoerd met de PCR die S-drop-out kan detecteren. Dit is echter niet altijd mogelijk (bijvoorbeeld ’s avonds en in het weekend of voor dringende stalen).

Ook als u op de aanvraag noteert dat het gaat om een hoog-risicocontact van iemand met de Britse variant proberen we hiermee rekening te houden. Het gaat echter om een batch analyse dus het is niet mogelijk om een S-drop-out te detecteren EN dringend te testen. U zal het resultaat normaal wel nog steeds binnen de 24 uur ontvangen.

Indien er een S-drop-out gedetecteerd wordt, brengen we u hiervan op de hoogte.

Het is voor ons soms een hele uitdaging om dit georganiseerd te krijgen. Als er meer stalen met één bepaalde techniek geanalyseerd moeten worden, om wat voor reden dan ook, zorgt dit voor een verlies in flexibiliteit en mogelijk ook in snelheid. We willen dan ook vragen om dit enkel te vragen bij patiënten waarbij er een sterk vermoeden is op aanwezigheid van een variant.

Wenst u meer informatie?

Wenst u meer informatie?

Values Anacura

KWALITATIEF

INTEGRITEIT

EVIDENCE BASED